sql-migrateをdockerで実行する方法調べたので、シェアしておきます

# シンプル
docker-compose exec app bash -c "sql-migrate up"

# configなどある場合のサンプル
docker-compose exec app bash -c "sql-migrate up -config=db/dbconfig.yml -env development"

参考記事

[DOCKER] Try using sql-migrate